主要な研究グループは3グループからなる。名城大学薬学部病態生化学研究室の山田?水本による結合組織疾患解析グループ、名城大学薬学部薬品作用学研究室の平松?衣斐による中枢神経系疾患解析グループ、名城大学薬学部薬効解析学研究室の永松?水野による血液系疾患解析グループである。それぞれの専門性に基づいて、対象となる難治性疾患の研究に取り組むが、難治性疾患の症状は、必ずしも特定の臓器のみで出現するのではなく、全身性で影響を受けることが多いため、互いに協力しあって、研究を推進する。また、それぞれの得意とする研究手法を互いに利用しあうことで、研究をより効率的に遂行させることができる。

サブクループとして、名城大学薬学部環境科学研究室の今西による質量分析グループがある。質量分析グループは、プロテオミクスを専門としており、各研究グループによる解析の過程で標的タンパク質の同定が必要な場合などに、最新式の質量分析装置を利用してサポートする。

さらに、学外から、名古屋大学の丸山博士、人見博士、藤田医科大学の湯澤博士のグループがバックアップしている。これらの研究グループは、主に血液系疾患解析グループが利用するノックアウトマウスの提供、患者検体の提供を行う。